依据《企业会计准则第15号——建造合同》第十八条的规定，“在资产负债表日，建造合同的结果能够可靠估计的，应当根据完工百分比法确认合同收入和合同费用。”
《营业税暂行条例》第十二条规定，“营业税纳税义务发生时间为纳税人提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产并收讫营业收入款项或者取得索取营业收入款项凭据的当天。国务院财政、税务主管部门另有规定的，从其规定。”
《营业税暂行条例实施细则》第二十四条规定，“条例第十二条所称取得索取营业收入款项凭据的当天，为书面合同确定的付款日期的当天；未签订书面合同或者书面合同未确定付款日期的，为应税行为完成的当天。”
第二十五条同时规定，“纳税人提供建筑业或者租赁业劳务，采取预收款方式的，其纳税义务发生时间为收到预收款的当天。”
由此可见，建筑业会计确认收入的原则是完工百分比法，而建筑业营业税纳税义务发生时间的确认原则是“准收付实现制”，即：收款和合同约定收款孰先原则。
实务中，工程完工进度与收款进度往往不同步，必然导致会计确认收入与营业税纳税义务时间不同步，从而带来营改增以后“应交税费——应交营业税”科目余额，或者是借方余额，或者是贷方余额。如何清理和处理“应交税费——应交营业税”科目余额，是企业十分头疼的问题。现举例如下：
案例1 会计确认收入大于实际结算收款
某建筑公司老项目工程总价2亿元，2016年3月按工程进度确认收入1亿元，实际收款只有6000万元。会计处理如下：
①营改增前按工程进度确认收入
借：主营业务成本 9400
工程施工——合同毛利 600
贷：主营业务收入 10000
②营改增前按主营业务收入10000万元计提营业税
借：营业税金及附加 300
贷：应交税费——应交营业税 300
③营改增前收到工程款
借：银行存款 6000
贷：工程结算 6000
④营改增前按结算收款6000万元缴纳营业税
借：应交税费——应交营业税 180
贷：银行存款 180
鉴于以上核算流程，“应交税费——应交营业税”贷方余额出现120万元，而这120万元对应的工程款在营改增前没有纳税义务时间，在营改增后应当按规定缴纳增值税。
具体解决方案如下：
⑤营改增后收到工程款
借：银行存款 4000
贷：工程结算 4000
⑥营改增后增值税纳税义务时间实现，缴纳增值税
借：应交税费——未交增值税——简易计税 116.50
贷：银行存款 116.50
⑦结转营改增前后计税依据的差异
借：应交税费——应交营业税 120
营业税金及附加 -3.50
贷：应交税费——未交增值税——简易计税 116.50
案例2 会计确认收入小于实际结算收款
某建筑公司老项目工程总价2亿元，2016年3月按工程进度确认收入6000万元，实际收款1亿元。会计处理如下：
①营改增前按工程进度确认收入
借：主营业务成本 5640
工程施工——合同毛利 360
贷：主营业务收入 6000
②营改增前按主营业务收入6000万元计提营业税
借：营业税金及附加 180
贷：应交税费——应交营业税 180
③营改增前收到工程款
借：银行存款 10000
贷：工程结算 10000
④营改增前按结算收款10000万元缴纳营业税
借：应交税费——应交营业税 300
贷：银行存款 300
鉴于以上核算流程，“应交税费——应交营业税”借方余额出现120万元，而这120万元对应的工程款在营改增前有了纳税义务时间，在营改增后会计确认收入不应当缴纳增值税。
具体解决方案如下：
⑤营改增后按工程进度确认收入
借：主营业务成本 3760
工程施工——合同毛利 240
贷：主营业务收入 4000
⑥计提营业税金（营改增前已经缴纳营业税的部分）
借：营业税金及附加 120
贷：应交税费——应交营业税 120
从案例2可以看出，营改增后会计确认收入4000万元，其对应的纳税义务发生时间在营改增之前，已经缴纳营业税。因此，应当按照营业税环境下的会计核算，实行含税收入处理，并计提营业税金。