以房抵顶工程款主要发生在施工企业向房地产开发企业提供建筑服务，房开企业由于资金紧张等原因，以开发产品抵顶所欠总承包企业的工程款。
一、业务实质分析
从业务实质上看，以房抵债对甲乙双方均可分为两笔业务：一是作为债务方的房开企业销售房地产，以销售所得偿还所欠乙方债务；二是作为债权方的总承包企业自甲方收取工程款，以工程款所得购买房地产。
对于乙方获得房地产，根据用途的不同，又可分为四种情况：一是以房产抵顶所欠丙方债务；二是自用；三是出租；四是对外销售。
据此，可将以房抵顶工程款的模式分为四类：甲乙丙三方抵债、甲乙抵债乙方自用、甲乙抵债乙方出租、甲乙抵债乙方出售。
二、甲乙丙三方抵债的税会处理
在甲乙丙三方存在真实债权债务关系的前提下，为了减少不动产交易环节，节省乙方的契税和相关各方的印花税，建议由甲乙丙三方签订抵债协议，将债权债务关系归于甲方和丙方，再由甲方和丙方签订售房合同，直接将房产销售给丙方。
甲方税务处理：
抵债协议签订后，甲方与乙方债权债务消灭，视同向乙方付款，乙方应向甲方开具增值税发票，同时与丙方建立债权债务关系；售房行为完成后，甲方应向丙方开具增值税发票。甲方应就此笔付款及销售业务申报缴纳增值税。
甲方会计处理：
抵债协议生效后，
借：应付账款—应付工程款—乙
贷：其他应付款—丙
一般计税方法下，取得专票且认证抵扣后，
借：应交税费—应交增值税（进项税额）
贷：应交税费—待认证进项税额
销售实现时，
借：其他应付款—丙
贷：主营业务收入
应交税费—应交增值税（销项税额）
乙方税务处理：
抵债协议签订后，乙方与甲方债权债务关系消灭，视同自甲方收款，应向甲方开具增值税发票，同时与丙方债权债务关系消灭，视同向丙方付款，丙方应向乙方开具增值税发票。乙方应就此收款付款业务申报缴纳增值税。
乙方会计处理：
抵债协议生效后，
借：应付账款—应付工程款—丙
贷：应收账款—应收工程款—甲
一般计税方法下，取得专票且认证抵扣后，
借：应交税费—应交增值税（进项税额）
贷：应交税费—待认证进项税额
纳税义务发生，
借：应交税费—待转销项税额
贷：应交税费—应交增值税（销项税额）
丙方税务处理：
抵账协议签订后，其与乙方债权债务关系消灭，视同自乙方收款，应向乙方开具增值税发票，同时与甲方建立债权债务关系；售房行为实现后，甲方应向丙方开具增值税发票。丙方应就此收款及购房业务申报缴纳增值税。
丙方会计处理：
抵债协议生效后，
借：其他应收款—甲 贷：应收账款—应收工程款—乙
纳税义务发生时，
借：应交税费—待转销项税额
贷：应交税费—应交增值税（销项税额）
一般计税方法下，取得专票且认证抵扣后（假定丙方以固定资产核算房产且自用），
借：固定资产
应交税费—待抵扣进项税额 40%
—应交增值税（进项税额）60%
贷：其他应收款—甲
三、甲乙抵债乙方自用
甲乙抵债乙方自用，涉及的利益主体只有甲乙双方，其税会处理方式，可分别参照本文第二部分的甲方与丙方的税会处理。
四、甲乙抵债乙方出租
甲乙抵债乙方出租，甲方的税会处理与本文第二部分的甲方处理没有区别，乙方的税会处理具有特殊性，原因在于乙方获得的不动产用途为出租，按照会计准则的要求应以「投资性不动产」核算，按照税法的固定，其进项税额不需要分两年抵扣，可以一次性抵扣。
乙方取得甲方开具的增值税专票认证抵扣后，
借：投资性房地产
应交税费—应交增值税（进项税额）
贷：应收账款—应收工程款—甲
纳税义务发生时，
借：应交税费—待转销项税额
贷：应交税费—应交增值税（销项税额）
五、甲乙抵债乙方出售
甲乙抵债乙方出售，是指甲方将不动产抵偿给乙方后，乙方再将不动产销售给第三方（丙方）实现资金回笼。对甲方而言，其税会处理与前文所述甲方无异，对于乙方的此笔业务又要进行区分不同情况。
其一，甲乙丙签订三方协议，由房地产开发企业直接与丙方签订售房合同，丙方直接将售房款支付给乙方，甲乙双方债权债务消灭。这种操作方式对乙方和丙方都是最有利的，但是存在较高的税务风险，难度较大。
其二，由乙方自甲方以抵债方式获得房产，向第三方转让时，按照转让不动产缴纳增值税，这种方式涉税风险较小，但税收成本较高。
最好的方式：甲方直接将房产销售给第三方，第三方将房款支付给甲方，甲方再将工程款支付给乙方，完事大吉，人畜无害。