如果单位业务简单，完全可以通过“应交税费——未交增值税”或者“应交税费——应交增值税（已交税金）”来核算企业增值税预缴业务。如果单位业务复杂，从总体上建议在“应交税费”科目下面区别“一般计税”和“简易计税”核算相关业务，对于预缴业务也可以在此之下进一步设置明细科目。
一、采用一般计税时方法时，项目部在建筑服务发生地预缴税款时，作如下账务处理：
借：应交税费-应交增值税（一般计税方法）-预缴税金
贷：银行存款
同时项目部需要交纳增值税附加，账务处理如下：
借：应交税费-城市维护建设税 等
贷：银行存款
按照实际缴纳的预缴税额计提营业税金及附加，账务处理如下：
借：营业税金及附加
贷：应交税费-城市维护建设税 等
二、采用简易计税方法时，项目部预缴税款时，账务处理如下：
借：应交税费-应交增值税（简易计税方法）
贷：银行存款
缴纳营业税金及附加，账务处理如下：
借：应交税费–城市维护建设税 等
贷：银行存款
按照实际缴纳的预缴税额计提营业税金及附加，账务处理如下：
借：营业税金及附加
贷：应交税费–城市维护建设税 等
三、期末将相关科目明细余额，和其他余额，结转“应交税费——未交增值税”科目。
注意：会计科目的设置，可以结合具体单位业务专门设置，可以与上述示例不一样。