一、关于土地价款的扣除问题
房地产开发企业为取得土地使用权支付的费用包括土地出让金、拆迁补偿费、征收补偿款、开发规费等。
土地出让金通常是指各级政府土地管理部门将土地使用权出让给土地使用者，按规定向买受人收取的土地出让的全部价款。土地出让金根据批租地块的条件，可以分为“熟地价”（即提供“七通一平”的地块价，包括土地使用费和开发费）、“毛地”或“生地”价。其票据由财政部门出具。
拆迁补偿费通常是指拆建单位依照规定标准向被拆迁房屋的所有权人或使用人支付的各种补偿金，主要包括房屋补偿费、周转补偿费和奖励性补偿费三方面。其票据主要是被拆迁房屋的所有权人或使用人出具的发票或者收据。
征收补偿款通常是指政府先将土地拍卖出让，再由政府出面征收拆迁但由房地产开发企业承担、并通过政府向被拆迁房屋的所有权人或使用人支付的款项。其票据为政府财政部门出具的非税收入票据。
开发规费通常是指在房地产开发过程中，房地产开发企业按照项目所在地的收取标准向政府多个部门缴纳若干项的各种规费。其票据为政府部门出具的非税收入票据。
目前只有土地出让金列入差额扣除范围。
房地产开发企业从二级土地市场取得的土地使用权，凭取得的专用发票抵扣进项税额。
二、关于扣除土地出让金及进项抵扣问题
（一）房地产开发企业土地价款扣除范围。房地产开发企业中的一般纳税人，销售其开发的房地产项目（选择适用简易计税方式的除外），单独作价销售的配套设施，例如幼儿园、会所等项目，其销售额可以扣除该配套设施所对应的土地价款。
房地产开发企业中的一般纳税人销售其开发的房地产项目（选择简易计税方法的房地产老项目除外），只能扣除受让土地时向政府部门支付的土地价款。采取“旧城改造”方式开发房地产项目的，以取得的全部价款和价外费用为销售额，不得扣除直接支付给拆迁户的补偿款。
（二）房地产兼有新老项目无法准确划分进项税如何计算。一般纳税人销售自行开发的房地产项目，兼有一般计税方法计税、简易计税方法计税、免征增值税的房地产项目而无法划分不得抵扣的进项税额的，应以《建筑工程施工许可证》注明的“建设规模”为依据进行划分。
不得抵扣的进项税额=当期无法划分的全部进项税额×（简易计税、免税房地产项目建设规模÷房地产项目总建设规模）
（三）房地产开发企业的售楼处、样板间的进项税额如何抵扣，这些设施如果最后拆除已经抵扣的进项税是否要转出问题。售楼处、样板间属于在施工现场修建的临时建筑物、构筑物，其进项税额可一次性抵扣，如果最终拆除，表明售楼部、样板间已经使用完毕，不需要做转出。
（四）房地产企业有一般计税方法和简易计税方法，如何进行抵扣。简易计税方法的应纳税额，是指按照销售额和增值税征收率计算的增值税额，不得抵扣进项税额。一般计税方法的应纳税额，是指当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额。房地产兼有新老项目分别使用一般计税方法和简易计税方法的，需对进项税进行划分。
三、征收范围界定问题
（一）纳税人以无形资产或不动产作为投资，应按规定缴纳增值税。《营业税改征增值税试点实施办法》第十条规定：“销售服务、无形资产或者不动产，是指有偿提供服务、有偿转让无形资产或者不动产。”《营业税改征增值税试点实施办法》第十一条规定：“有偿，是指取得货币、货物或者其他经济利益。”以不动产投资，是以不动产为对价换取了被投资企业的股权，取得了“其他经济利益”，应当缴纳增值税。
（二）车辆停放服务属于不动产经营租赁范围。车辆停放服务老项目，是指取得不动产所在地物价管理部门批复的《停车场收费许可证》或《房屋建筑项目竣工验收备案收文回执》注明时间为2016年4月30日前的项目。
（三）关于房地产开发企业销售精装修房所含装饰、设备是否视同销售问题。《营业税改征增值税试点实施办法》第十四条第二款规定，视同销售不动产的范围是：“单位或者个人向其他单位或者个人无偿转让无形资产或者不动产，但用于公益事业或者以社会公众为对象的除外。”
房地产开发企业销售精装修房，已在《商品房买卖合同》中注明的装修费用（含装饰、设备等费用），已经包含在房价中，因此不属于税法中所称的无偿赠送，无需视同销售。
（四）地下车位永久租赁行为增值税税目如何适用问题。《合同法》规定，租赁合同超过20年无效。对永久租赁，按财税〔2016〕36号文件规定，应按销售不动产处理，适用11%增值税税率。
（五）随房赠送物业管理费如何确认销售额。买房送物业管理费视同销售，按市场公允价，确定销售额征税。
（六）没收的定金和违约金是否应当缴纳增值税及开具发票。没收的定金和违约金，如果最后交易成交，则需缴纳增值税，如果交易没有成交，则不需要缴纳增值税。