一家外商投资企业属于日本上市公司三级全资控股子公司。近期该公司打算实行股权激励计划，财务人员咨询，该公司员工以股权激励方式取得的所得，是否可以按照优惠计税方式计算缴纳个税？
《国家税务总局关于股权激励有关个人所得税问题的通知》（国税函[2009]461号）第七条规定，“股权激励”优惠计税方法仅适用于上市公司（含所属分支机构）和上市公司控股企业的员工，其中上市公司占控股企业股份比例最低为30%（间接控股限于上市公司对二级子公司的持股）。
而《国家税务总局关于个人所得税有关问题的公告》（国家税务总局公告2011年第27号）文件进一步规定，企业由上市公司持股比例不低于30%的，其员工以股权激励方式持有上市公司股权的，可以按照国税函[2009]461号文件规定的优惠计算方法，计算应扣缴的股权激励个人所得税，不再受上市公司控股企业层级限制。国税函[2009]461号文件第七条括号内“间接控股限于上市公司对二级子公司的持股”废止。
因此，该公司属于境外上市公司三级全资控股子公司，企业由上市公司持股比例超过了30%，该公司员工通过股权激励方式取得的股权收益，是可以按照国税函[2009]461号文件规定的优惠计税方式计算缴纳个人所得税的。