问：某房地产开发项目分期开发，在土地增值税清算时，请问：
1、根据“分期开发，分期清算”的原则，企业进行土地增值税分期清算。假设第一期清算的是A街区，第二期清算的是B街区。在第一期清算A街区的时候，因部分成本发票未取得，该部分成本不能计入扣除项目金额，造成土地增值税偏大。当第二期清算B街区的时候，收到了上述的A街区成本发票。是否可以在进行第二期清算的时候，重新计算第一期A街区的应缴土地增值税（按照加入该部分成本的扣除项目金额），以重新计算后的A街区应缴土地增值税的减少额，抵减第二期B街区的应缴土地增值税后，缴纳第二期土地增值税税款？或者对A街区土地增值税单独申请退税？
2、根据税法相关规定，企业委托税务师事务所鉴证后申报了土地增值税清算税款，并经税务局批准在2012、2013分两年缴纳税款。此时应补缴的土地增值税已经确定，根据权责发生制原则和真实性原则，尚未缴纳的清算土地增值税款，能否在计算2012年度企业所得税时予以扣除？
答：1、该房地产公司进行A街区土地增值税清算，按照《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）规定，房地产开发企业办理土地增值税清算时计算与清算项目有关的扣除项目金额，应根据土地增值税暂行条例第六条及其实施细则第七条的规定执行。除另有规定外，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。未取得合法凭证的支出不得作为扣除项目。
该房地产公司对A街区进行土地增值税清算取得税务机关清算书面审核结果后，该房地产公司应在规定期限内办理补退税手续。
该房地产公司在清算完毕后取得扣除项目合法凭证土地增值税事项，目前，总局没有明确文件规定。以下地方文件供参考：
《青岛市地方税务局关于印发〈青岛市地方税务局房地产开发项目土地增值税税款清算管理暂行办法〉的通知》（青地税发[2008]100号）第三十四条规定，主管税务机关出具土地增值税清算税款结论后，开发企业有下列情形之一的，需按规定向主管税务机关进行申报，经主管税务机关审核属实的，补充和完善税务机关清算结论，并按规定办理税款缴纳或退还手续：
（一）已清算完毕的开发项目又发生成本、费用的；
（二）纳税人取得清算时尚未取得的扣除项目相关凭证的；
（三）主管税务机关认为应调整清算结论的其他情况。
参照青岛市地方税务局规定，房地产公司在清算后取得清算时尚未取得的扣除项目相关凭证的，按规定向主管税务机关申报，经主管税务机关审核属实的，补充和完善税务机关清算结论，并按规定办理税款缴纳或退还手续。
2、《企业所得税法实施条例》第九条规定，企业应纳税所得额的计算，以权责发生制为原则，属于当期的收入和费用，不论款项是否收付，均作为当期的收入和费用；不属于当期的收入和费用，即使款项已经在当期收付，均不作为当期的收入和费用。本条例和国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。
第三十一条规定，企业所得税法第八条所称税金，是指企业发生的除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加。
《河北省国家税务局、河北省地方税务局关于明确企业所得税若干业务问题的公告》（河北省国家税务局、河北省地方税务局公告2012年第1号）规定，企业计提而未实际缴纳的“五险一金”、应付工资等各项法定应付未付事项，在汇算清缴期前缴纳或支付的，据实扣除；如未能在汇缴前缴纳或支付，在缴纳或支付时调整相应的应缴应付所属年度的应纳税所得额。法定事项中包括未支付的银行利息。
关于以前年度未缴纳的应在所得税前扣除的各项税金及附加，实际补缴后如何税前扣除问题。《辽宁省地方税务局关于纳税人补缴以前年度应在所得税前扣除的各项税金及附加如何税前扣除等问题的批复》（辽地税函[2003]181号）规定，纳税人当年未提取缴纳，以后年度自行补缴或税务机关查补的以前年度应缴纳的消费税、营业税、资源税、关税和城市维护建设税、教育费附加、房产税、车船使用税、土地使用税、印花税等，应按该补缴税款的税款所属年度调整该年度的应纳税所得额，并通过“以前年度损益调整”等科目对补缴年度作所得税纳税调整，该部分补缴税款不得在补缴年度重复计算扣除。
根据上述规定，该房地产公司应补缴的土地增值税在2012年度未缴纳部分，不得在2012年度税前扣除。2013年补缴2012年度未缴纳部分，在缴纳或支付时调整相应的应缴应付所属年度的应纳税所得额。