为适应铁路体制改革和铁路网建设的发展变化，有利于铁路货运凭证印花税的征收和管理，2006年7月12日，国家税务总局、铁道部联合下发了《国家税务总局铁道部关于铁路货运凭证印花税若干问题的通知》（国税发[2006]101号）（以下简称“新文件”），对铁路货运凭证印花税的征收和管理的若干问题进行了重新明确。这一文件是在《国家税务总局铁道部关于铁路货运凭证汇总缴纳印花税问题的联合通知》（〔89〕国税地字第094号）全文废止（以下简称“旧文件”）文件的基础上，依据货物运输合同有关印花税的规定，结合税收征管实际，做的进一步的修改和补充，增加了文件的严密性和可操作性。
一、新文件与旧文件相比，几点新的变化。
1、“新文件”对铁路货运业务印花税的纳税人做了具体明确的规定。
“新文件”增加了铁路货运业务印花税纳税人的规定，铁路货运业务中运费结算凭证载明的承、托运双方，均为货运凭证印花税的纳税人。新文件还对代办铁路货运业务的代办方做了明确的规定，代办托运业务的代办方在向铁路运输企业交运货物并取得运费结算凭证时，应当代托运方缴纳印花税。代办方与托运方之间办理的运费结算清单，不缴纳印花税。
2、“新文件”对应纳税凭证和计税依据的规定，更具可操作性。
由于“旧文件”在应纳税凭证和计税依据上只是泛泛的规定，‘铁路货运的应纳税凭证为运单所对应的铁路货票。货票中承运方的报告联作为计算汇缴和代扣汇缴的原始凭证；托运方的报销联作为缴纳印花税的完税凭证’，所以各地在具体执行中，计税依据标准不一。
而“新文件”不仅明确规定‘铁路货运运费结算凭证为印花税应税凭证’，并且对应税凭证的范围做了具体的列举。同时对作为计税依据的运费范围也做了比较详细的规定。?
3、“新文件”在应纳税额的计算和税款代征方面的规定，更加方便实用。
“新文件”相比“旧文件”有两处改进，一是在应纳税额的计算上明确了‘税额不足一角的免税，超过一角的四舍五入计算到角’的规定。二是在税款代征上增加了‘运费结算凭证不再加盖“印花税代扣专用章’的规定。这两条新规定将会在很大程度上方便铁路货运印花税的计算和代征工作。
4、“新文件”对铁路货运的印花税款具体缴纳方式，也做了详细规定。
与‘旧文件’相比，“新文件”直接列举出了铁路运输企业代征的托运方应纳的印花税与铁路运输企业应纳的印花税统一由各铁路运输企业汇总后缴入国库的三种具体方式。
二、笔者认为，在税务机关过去的铁路货运印花税征管实际工作中，存在的的比较典型的问题有两个方面，一是税务机关过分依赖铁路企业的计算和代征；二是由“旧文件”不严密的规定所带来的问题，比如“旧文件”对计税依据规定的过于笼统，使得各地在具体执行时，各有各的标准。
这也是我们在执行“新文件”时，应该注意的问题。
1、由于“新文件”规定，铁路运输企业代征的托运方应纳的印花税与铁路运输企业应纳的印花税统一由各铁路运输企业汇总后按一定的方式缴入国库，而且铁路企业的经营方式和核算形式行业性比较强，所以税务机关要做好对“新文件”的辅导工作，加强对铁路运输企业计算和代征工作的监督和检查力度，切不可掉以轻心。
2、由于铁路企业在办理货运业务时，收取的费用项目比较多，比较杂，所以在掌握新旧文件异同点的基础上，尤其要把握好“新文件”规定的铁路货运合同印花税的计税依据所包括的具体项目，以防止多计（建设基金、货物运输杂费）或少计（新路均摊费、电力附加费）项目的情况发生。?