1、个人独资企业分支机构
个人独资企业可以设立分支机构。由投资人或者其委托的代理人向分支机构所在地的登记机关申请登记，领取营业执照。其民事责任由设立该分支机构的个人独资企业承担，个人独资企业的民事责任由投资者个人承担。投资者对个人独资企业及其分支机构承担的均是无限责任。
2、个人独资企业个人所得税纳税人
个人独资企业以投资者个人为纳税人，比照个人所得税法的\"个体工商户的生产经营所得\"应税项目，适用5%~35%的5级超额累进税率，计算征收个人所得税。
3、个人独资企业分支机构个人所得税纳税人
个人独资企业设立分支机构，属于投资者兴办的又一个人独资性质的企业，其纳税人仍为投资者个人，比照个人所得税法的\"个体工商户的生产经营所得\"应税项目，适用5%~35%的5级超额累进税率，计算征收个人所得税。
这也是部分人对个人独资企业分支机构做“个人所得税-个体工商户的生产经营所得”税种认定的缘由。
个人独资企业与分支机构，应分别向其实际经营管理所在地主管税务机关预缴税款，分别办理年度申报，并依所有企业的经营所得总额确定适用税率，以本企业的经营所得为基础，计算应缴税款，由投资者个人选定一个企业所在地的主管税务机关，办理汇算清缴。