要分为正常原因造成的损失和非正常原因造成的损失来进行处理。
一、正常原因造成的
属于计量收发差错和管理不善等原因造成的存货短缺，应先扣除残料价值、可以收回的保险赔偿和过失人赔偿，将净损失计入管理费用。
存货盘亏领导批准前：（假设不考虑增值税）
借:待处理财产损溢
贷：库存商品
批准后：
借：管理费用（单位承担部分）
其他应收款（个人赔偿）
贷：待处理财产损溢
二、非正常原因造成的
属于企业存货发生非正常损失（如：自然灾害）等原因造成的存货短缺，应先扣除残料价值、可以收回的保险赔偿，将净损失计入营业外支出。
存货盘亏领导批准前：（假设不考虑增值税）
借：待处理财产损溢
贷：库存商品
批准后：
借：营业外支出（单位承担部分）