以抵押的房屋偿还贷款是否要缴营业税？

根据《营业税暂行条例》和国家税务总局（国税函发[1995]156号）文件第九条规定，借款者无力归还贷款，抵押的房屋被银行收走以抵作贷款本息，这表明房屋的所有权被借款方有偿转让给银行，应对借款者转让房屋所有权的行为按销售不动产税目征收营业税。同样，银行将收归其所有的房屋出售，也应按“销售不动产”税目缴纳营业税。

所以，税务机关对您公司的处理是正确的。