为了进一步深化“放管服”改革、优化税收环境的要求，近日，国家税务总局公告2017年第36号文件明确，自2018年1月1日起，逾期增值税扣税凭证继续抵扣事项由省国税局核准。文件对2011年50号公告做了修改，原2011年50号公告规定逾期增值税扣税凭证继续抵扣的最终核准权在国税总局，纳税人逾期抵扣的，主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对相符后，方能允许纳税人继续抵扣其进项税额。规定修改后，减少了逾期抵扣的审批环节，缩短了审批时限，对逾期抵扣申请继续抵扣的纳税人来说，是利好，尤其是对逾期抵扣金额较大的纳税人，审批时限的缩短，可降低其因逾期抵扣而造成的损失。
新规定对逾期增值税扣税凭证的种类作了进一步明确，明确逾期增值税扣税凭证包括增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书和机动车销售统一发票。
例：A商贸企业为一般纳税人，2017年2月1日向B企业（一般纳税人）购进有色金属材料（锌）1200吨，B企业开出一张增值税专用发票给A企业，发票金额2000万元，税额340万元，A企业在2月末未对该发票做认证（勾选），A企业上期留抵税额500 万元，A企业于2月20日将1200吨锌销售给C企业，开出增值税专用发票，金额2060万元，税额350.2万元。3月10日，A企业完成了纳税申报。
A企业于2018年1月10日发现B企业2月份开出的增值税专用发票未认证（勾选），原因是在专票认证（勾选）期限内，A企业管理发票的财务擅自离职，未办理交接手续。
1、案例分析
根据国家税务总局公告2017年第11号 规定，自2017年7月1日起，增值税一般纳税人取得的2017年7月1日及以后开具的增值税专用发票，应自开具之日起360日内认证或登录增值税发票选择确认平台进行确认，并在规定的纳税申报期内，向主管国税机关申报抵扣进项税额。纳税人取得的2017年6月30日前开具的增值税扣税凭证，仍按国税函〔2009〕617号文件规定执行，即应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。所以A企业以上未认证（勾选）的增值税专用发票已逾期，逾期的原因有两个，一是A企业3月10日纳税申报时，因为有上期留抵500万元，不需交税，且离认证期限180日还较远，因而专票当月未及时认证（勾选）；二是在专票认证（勾选）期限内，A企业管理发票的财务擅自离职，未办理交接手续，以至于到发现时已逾期。
2、补救办法
按新规定，A企业应将增值税扣税凭证逾期情况说明、逾期增值税扣税凭证抵扣申请单、逾期增值税扣税凭证电子信息、逾期增值税扣税凭证复印件等资料加盖公章后报送至主管税务机关，并详细说明事情经过、财务人员姓名、离职时间等，并提供解除劳动关系合同及企业内部相关处理决定，经主管税务机关核实报省国税局认证并稽核比对相符后，凭允许抵扣通知方可抵扣。
3、注意要点
文件规定增值税凭证逾期允许继续抵扣必须要有国家税务总局公告2011年第50号文件规定的六类客观原因。