问题一
我公司为一般纳税人，仓库受台风影响进水，存货泡水有损毁，相应的进项税额需要做转出吗？
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条第（二）项规定以及《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》财税[2016]36号附件1第二十七的规定，需做进项转出的“非正常损失”是指因管理不善造成货物被盗、丢失、霉烂变质，以及因违反法律法规造成货物或者不动产被依法没收、销毁、拆除的情形。
因此，台风等自然灾害造成的损失，不属于上述非正常损失范围，其进项税额允许抵扣，不需要做进项转出。
问题二
因台风受灾造成的损失，取得保险公司的赔偿后剩下的损失，是否允许在企业所得税前扣除吗？
根据《中华人民共和国企业所得税法》第八条：“企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。”
根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第三十二条：“企业所得税法第八条所称损失，是指企业在生产经营活动中发生的固定资产和存货的盘亏、毁损、报废损失，转让财产损失，呆账损失，坏账损失，自然灾害等不可抗力因素造成的损失以及其他损失。
企业发生的损失，减除责任人赔偿和保险赔款后的余额，依照国务院财政、税务主管部门的规定扣除。
企业已经作为损失处理的资产，在以后纳税年度又全部收回或者部分收回时，应当计入当期收入。”
因此，企业因这次台风造成的损失，扣除保险公司赔偿后的余额允许在计算企业所得税应纳税所得额时扣除。具体申报扣除的规定，请参阅国家税务总局公告[2011]25号文相关规定。
问题三
企业因台风受灾取得保险公司赔偿款，需要缴税吗？
增值税方面，取得保险公司赔偿款不需要缴纳增值税。企业所得税方面，保险公司的赔偿款先弥补企业发生的损失，如果弥补完企业发生的损失后还有余额的应按规定计算缴纳企业所得税。
问题四
台风天，企业的固定资产可能会遭到损坏，例如车辆泡水，机器设备被砸坏，企业需要处置这些固定资产，如何征收增值税？
小规模纳税人销售自己使用过的固定资产：减按2%征收率征收增值税。如放弃1%的减税，选择按照简易办法3%征收率缴纳增值税，可以代开增值税专用发票。
一般纳税人销售自己使用过的固定资产：一般情况下，应按照适用税率征收增值税，但属于以下两种情形的，可按简易办法依3%征收率减按2%征收增值税，同时不得开具增值税专用发票：
（1）纳税人购进或者自制固定资产时为小规模纳税人，认定为一般纳税人后销售该固定资产。
（2）增值税一般纳税人销售其按照规定不得抵扣且未抵扣进项税额的固定资产。其中，不能抵扣指的是增值税暂行条例第十条规定的不得抵扣的情况。
若适用3%减按2%的简易征收的，如放弃1%的减税，选择按照简易办法3%征收率缴纳增值税，可以开具增值税专用发票。
关于销售自己使用过的固定资产的涉税文件如下，供参考：
《关于部分货物适用增值税低税率和简易办法征收增值税政策的通知》财税[2009]9号；《关于全国实施增值税转型改革若干问题的通知》财税[2008]170号；《关于一般纳税人销售自己使用过的固定资产增值税有关问题的公告》国家税务总局公告[2012]1号；《关于简并增值税征收率政策的通知》财税[2014]57号。
问题五
台风过后，企业重新购置的固定资产，进项税额允许抵扣吗？
增值税一般纳税人重新购置的固定资产，负担或支付的增值税税额，凭合法有效的扣税凭证可以从销项税额中抵扣。但用于《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》财税[2016]36号附件1第二十七条所列规定情形的除外。
问题六
台风受灾，公司请人维修生产设备取得增值税专用发票，其进项税额可以抵扣吗？
增值税一般纳税人接受维修劳务，有取得增值税专用发票，可以抵扣进项税额。
相关政策——厦地税发[2016]93号 厦门市地方税务局关于促进企业灾后重建恢复生产的意见