国家税务总局在国税函[2009]118号文件的基础上，于2012年8月10日发布了国家税务总局公告2012年第40号 企业政策性搬迁所得税管理办法（以下简称《办法》）。《办法》指出，由于社会公共利益的需要，在政府主导下企业进行的整体搬迁或部分搬迁，为政策性搬迁。
一、企业政策性搬迁的后续管理：
（一）政策性搬迁涉及资产的税务处理：
1、搬迁后原资产经过简单安装或不安装（如无形资产）仍可以继续使用的，在该资产重新投资使用后，继续计提折旧或摊销费用；
2、搬迁后原资产需要大修理后才能重新使用的，该资产的净值加上大修理支出，为该资产的计税成本。在该资产重新投资使用后，就该资产尚可使用的年限计提折旧。同时，该大修理支出应进行资本化，不得从搬迁收入中扣除。
（二）企业搬迁所得为盈利的税务处理：
企业的搬迁收入扣除搬迁支出后的余额，为企业搬迁所得。企业按照《办法》要求进行搬迁核算及报送搬迁相关材料的，其取得的搬迁收入暂不计入当期应纳税所得额，应在符合《办法》规定的搬迁完成年度，进行搬迁清算，计入当年度企业应纳税所得额计算纳税。
（三）企业搬迁所得为亏损的税务处理：
企业搬迁收入扣除搬迁支出后为负数的数额，为企业搬迁损失。搬迁损失可以一次性在搬迁完成年度，作为企业损失扣除；或自搬迁完成年度起，分3个年度均匀作为企业损失扣除。企业一经选定处理方法，不得改变。
（四）政策性搬迁时，企业亏损弥补期限的计算：
企业以前年度发生尚未弥补的亏损，从搬迁年度次年起，至搬迁完成年度前一年度止，可作为停止生产经营活动年度，从法定亏损结转弥补年限中减除。
（五）政策性搬迁需要向税务机关报送的材料及时间：
1、企业应当自搬迁开始年度至次年5月31日前，向主管税务机关（包括迁出地和迁入地）报送政策性搬迁依据、搬迁规划等相关材料。
2、企业在搬迁完成年度向主管税务机关报送企业所得税年度纳税申报表时，还应同时报送《企业政策性搬迁清算损益表》及相关材料。
二、企业政策性搬迁的会计账务处理：
《办法》规定：企业政策性搬迁，应该单独进行税务处理和会计核算。不能单独进行的，应按企业自行搬迁或商业性搬迁进行所得税处理，不得执行《办法》规定。
根据财企[2005]123号《关于企业收到政府拨给的搬迁补偿款有关财务处理问题的通知》精神，企业的政策性搬迁或处置收入及费用应按规定进行单独的账务处理：
（一）企业在收到搬迁补偿款时：
借：银行存款
贷：其它应付款-专项应付款
（二）因搬迁出售、报废或毁损的固定资产，以净损失额来核销专项应付款：
1、核销固定资产及通过“固定资产清理”科目作会计分录：
（1）核销固定资产时：
借：累计折旧
固定资产清理
贷：固定资产
（2）发生清理费用时：
借：固定资产清理
贷：现金、银行存款或应付款
（3）取得核销资料的残款时：
借：银行存款、现金或应收账款
贷：固定资产清理
2、将“固定资产清理”净损失转入“其它应付款-专项应付款”科目进行核销：
借：其它应付款-专项应付款
贷：固定资产清理
（三）发生拆卸、运输、重新安装机器设备的费用时，直接核销专项应付款：
借：其它应付款-专项应付款
贷：银行存款、现金或应付款
（四）原已作为资产单独入账的土地使用权的摊余价值，现因搬迁而灭失，直接核销专项应付款：
借：其它应付款-专项应付款
贷：无形资产
（五）支付职工的安置费，直接核销专项应付款：
借：其它应付款-专项应付款
贷：银行存款或现金
（六）企业搬迁结束后，在搬迁完成年度或在第五个年度，进行搬迁清算，将余额计入当年度企业应纳税所得额计算纳税，作转增营业外收入处理。
借：其它应付款-专项应付款
贷：营业外收入
（七）企业搬迁结束后，如有搬迁损失，可以一次性在搬迁完成年度，作为企业损失扣除；或自搬迁完成年度起，分3个年度均匀作为企业损失扣除。
三、企业政策性搬迁房土两税申报时间的确定：
由于在税收政策中，对企业政策性搬迁房土两税的处理尚未出台正式意见，所以企业在申报土地使用税及房产税时，往往会出现多缴或少缴房土两税的情况。
（一）土地使用税停报及开征时间的认识：
1、旧厂的土地使用税，在土地使用权上缴给土地收储中心后，即丧失了土地使用的权利，按税法规定应在失去土地使用权的次月起不再申报缴纳旧厂的土地使用税。
2、新厂的土地使用权在土地出让合同签定后，按税法规定即认定为取得了土地使用权，应在土地出让合同签定的次月起申报缴纳土地使用税。
（二）房产税的停止申报及开征时间的认识：
1、对旧厂的房产税，应在企业的某项房产实际撤除并作资产核销的账务处理后的次月起停止申报旧厂的该房产的房产税。
2、对新建的厂房应在实际投入使用或验收合格的次月起申报缴纳房产税。