2008年7月《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火[2008]362号）发布，至此，作为《企业所得税法》配套文件的《高新技术认定管理办法》、《国家重点支持的高新技术领域》、《高新企业认定管理工作指引》已全部出台，高新技术企业认定工作即将正式启动。
《指引》规定，2007年底前国家高新技术产业开发区（包括北京市新技术产业开发试验区）内、外已按原认定办法认定的仍在有效期内的高新技术企业资格依然有效，但在按《认定办法》和《工作指引》重新认定合格后方可依照《企业所得税法》及其实施条例等有关规定享受企业所得税优惠政策。企业可提前按《认定办法》和《工作指引》申请重新认定，亦可在资格到期后申请重新认定。
原依法享受企业所得税定期减免税优惠未期满的高新技术企业，可依照《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号）的规定继续按原税收法律、行政法规及相关文件规定的优惠办法及年限享受至期满为止，但因未获利而尚未享受税收优惠的，其优惠期限从2008年度起计算。
对经济特区和上海浦东新区内新设立并按《认定办法》和《工作指引》认定的高新技术企业，按《国务院关于经济特区和上海浦东新区新设立高新技术企业实行过渡性税收优惠的通知》（国发[2007]40号）的规定执行，即2008年1月1日（含）之后完成登记注册在深圳、珠海、汕头、厦门和海南经济特区上海浦东新区内在的国家需要重点扶持的高新技术企业，在经济特区和上海浦东新区内取得的所得，自取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年按照25%的法定税率减半征收企业所得税。
一、高新企业认定标准
高新技术企业是指在《国家重点支持的高新技术领域》内，持续进行研究开发与技术成果转化，形成企业核心自主知识产权，并以此为基础开展经营活动，在中国境内（不包括港、澳、台地区）注册一年以上的居民企业。
高新技术企业必须具备以下六项具体条件：
（一）在中国境内（不含港、澳、台地区）注册的企业，近3年内通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，或通过5年以上的独占许可方式，对其主要产品（服务）的核心技术拥有自主知识产权。
《认定办法》规定的核心自主知识产权包括：发明、实用新型、以及非简单改变产品图案和形状的外观设计（主要是指：运用科学和工程技术的方法，经过研究与开发过程得到的外观设计）、软件著作权、集成电路布图设计专有权、植物新品种。
发明、实用新型、外观设计专利可以到国家知识产权局网站（http://www.sipo.gov.cn）查询专利标记和专利号来检验专利的真实性。
对于软件著作权，可以到国家版权局中国版权保护中心的网站（http://www.ccopyright.com.cn）查询软件著作权标记（亦称版权标记），表明作品受著作权保护的记号，检验其真伪。
《工作指引》所称的独占许可是指在全球范围内技术接受方对协议约定的知识产权（专利、软件著作权、集成电路布图设计专有权、植物新品种等）享有五年以上排他的使用权，在此期间内技术供应方和任何第三方都不得使用该项技术。
高新技术企业认定所指的核心自主知识产权须在中国境内注册，或享有五年以上的全球范围内独占许可权利（高新技术企业的有效期应在五年以上的独占许可期内），并在中国法律的有效保护期内。
（二）产品（服务）属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围。 国家重点支持的高新技术包括八大领域，主要为电子信息技术、生物与新医药技术、航空航天技术、新能源及节能技术、资源与环境技术等六大类技术领域和高技术服务业、高新技术改造传统产业两大类行业领域。
（三）具有大学专科以上学历的科技人员占企业当年职工总数的30%以上，其中研发人员占企业当年职工总数的10%以上。
1．企业科技人员
是指在企业从事研发活动和其他技术活动的，累计实际工作时间在183天以上的人员。包括：直接科技人员及科技辅助人员。
2．企业研究开发人员
企业研究开发人员主要包括研究人员、技术人员和辅助人员三类。
（1）研究人员
是指企业内主要从事研究开发项目的专业人员。
（2）技术人员
具有工程技术、自然科学和生命科学中一个或一个以上领域的技术知识和经验，在研究人员指导下参与下述工作的人员：
——关键资料的收集整理；
——编制计算机程序；
——进行实验、测试和分析；
——为实验、测试和分析准备材料和设备；
——记录测量数据、进行计算和编制图表；从事统计调查等。
（3）辅助人员
是指参与研究开发活动的熟练技工。
3．研究开发人数的统计
主要统计企业的全时工作人员，可以通过企业是否签订了劳动合同来鉴别。对于兼职或临时聘用人员，全年须在企业累计工作183天以上。
（四）企业持续进行研发活动，且近3个会计年度的研发费用占销售额的比例符合如下要求
最近1年销售收入小于5000万元的企业，比例不低于6%；
最近1年销售收入在5000万元至2亿元的企业，比例不低于4%；
最近1年销售收入在2亿元以上的企业，比例不低于3%.
其中，中国境内发生的研发费占比不低于60%.
（1）人员人工
从事研究开发活动人员（也称研发人员）全年工资薪金，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资以及与其任职或者受雇有关的其他支出。