国家税务总局《关于印发并试行新修订的的通知》(国税发[1998]190号，以下简称旧表体系)，由于旧表体系报表本身存在着一定的问题（如遗漏部分重要项目，报表设计琐碎、复杂，纳税申报表与利润表没有相关的数据核对功能），申报表从结构和内容上都滞后于《企业会计制度》，申报表的设置无论是结构还是内容均严重落后于税收政策的变化，因此，在后来的使用过程中有的省市根据实际需要请示国家税务总局后自行修订了旧表体系。
2006年4月18日，国家税务总局下发了《关于修订企业所得税纳税申报表的通知》（国税发[2006]56号以下简称新表体系）；2006年11月8日，国家税务总局下发了《关于明确企业所得税纳税申报表执行口径等有关问题的通知》（国税函[2006]1043号）。
一、新表体系、旧表体系成本费用附表总体对比
新表体系附表二《成本费用明细表》，主要对应旧表体系销售（营业）成本（其附表为附表三《销售（营业）成本明细表》）和“期间费用合计”项目。
（一）旧表体系《销售（营业）成本明细表》
《销售（营业）成本明细表》与《销售(营业)收入明细表》进行对应配比，由工业制造业务销售成本、商品流通业务销售成本、施工业务的营业成本、房地产开发业务的营业成本、旅游饮食服务业务的营业成本、运输业务的营业成本、邮政通信业务的营业成本、金融保险业务的营业成本，加上其他一些项目共同构成，其他项目有：销售材料、下脚料、废料、废旧物资发生的相关成本，技术转让发生的直接支出，无形资产转让的直接支出，固定资产转让、清理发生的转让和清理费用，出租、出借包装物的成本，自产、委托加工产品视同销售结转的相关成本。
旧表体系《销售（营业）成本明细表》存在的主要问题是，它的填报项目与会计制度尤其是后来的《企业会计制度》科目之间对应关系不清晰，它只注重经济事项，不注重会计业务，增加了企业会计人员的填报成本和主管税务人员的审核成本。
（二）新表体系《成本费用明细表》
《成本费用明细表》恰恰就迎合了实际工作的需要，各项目与会计核算（主要是《企业会计制度》）上的各科目之间口径更趋同，更有对应关系，并且列举明确、界面友好、脉络清晰，很多项目可以直接到总账科目及其明细科目下取数，方便了填报和审核。
新表体系附表二《成本费用明细表》与附表一《销售（营业）收入及其他收入明细表》进行“配比”（其实比如营业外收支之间的关系不能叫会计专业上的“配比”关系，而是“对立”关系），由销售（营业）成本、其他业务支出及营业外支出等项目和期间费用构成。除“期间费用”外，其他项目两表几乎是一一对应关系。
二、税法上确认的成本费用
（一）国家税务总局《企业所得税税前扣除办法》（国税发[2000]84号）规定，（企业所得税前）准予扣除项目是纳税人每一纳税年度发生的与取得应纳税收入有关的所有必要和正常的成本、费用、税金和损失。成本是纳税人销售商品（产品、材料、下脚料、废料、废旧物资等）、提供劳务、转让固定资产、无形资产（包括技术转让）的成本。费用是指纳税人每一纳税年度发生的可扣除的销售费用、管理费用和财务费用，已计入成本的有关费用除外。
（二）国家税务总局《企业所得税税前扣除办法》（国税发[2000]84号）第五十五条规定，纳税人发生的资产盈亏、报废净损失，减除责任人赔偿和保险赔款后的余额，经主管税务机关审核可以扣除。
（三）2005年国家税务总局《企业财产损失所得税前扣除管理办法》（国家税务总局令第13号）规定，企业的各项财产损失含固定资产损失、在建工程和工程物资损失、无形资产损失和其他资产损失；含非正常损失（包括因战争、自然灾害等不可抗力造成损失，因人为管理责任毁损、被盗造成损失，政策因素造成损失等）、发生改组等评估损失和永久实质性损害等。固定资产损失包括企业房屋建筑物、机器设备、运输设备、工具器具等发生盘亏、淘汰、毁损、报废、丢失、被盗等造成的净损失。企业的各项财产损失，应在损失发生当年申报扣除。