您这个问题的非盈利机构如果是指指组织的经营、运作目的不是获取利润，而是政府以外的为实现社会公益的组织，其中有一些类似于我国的事业单位。比如青少年基金会、公立医院等组织或者机构的话，我们一起来看看他们开出来的发票与普通企业开出来的发票有什么区别！
1）发票上的税率
销售货物或者提供应税服务具体适用税率是与货物以及服务的不同而不同的，与您是非营利机构或者企业无关。
2）非盈利机构开出发票是否交税
税法规定如果是免税的收入是不交税的，但是如果是应税收入，则会产生税收。比如医院停车场对外出租需要缴纳增值税，医院的房屋出租给个人开超市取得的租金收入也需要缴纳增值税。
3）企业对非盈利机构支付的款项
比如您支付的捐款，则会给您出具非税收入凭据，你也可以计入成本费用！如果支付的是应税收入，则可以凭借发票入账。