土地增值税是对转让国有土地使用权、地上建筑物及其附着物征税。那么，对房地产开发企业改变原批准规划超建的部分，即“违章建筑”，是否要征收土地增值税呢？
“违章建筑”大体上可分为两种：一是建筑人在未取得土地使用权、没有建筑许可证的情况下建造的建筑；二是在取得土地使用权的土地上，随意变更原批准的设计规划，所建造的建筑。有资料显示，浙江省杭州市2003年～2004年出让的37宗土地中，约80%的地块超出规划面积，多出的销售金额达4000万元之巨。
现行政策对涉及土地增值税管理的产权转移的成立条件没有作出明确规定，在实际中一般是按照签订的产权转移合同确认销售收入，或者是凭所办理的产权证书确认交易的成立。
《国家税务总局关于未办理土地使用权证转让土地有关税收问题的批复》规定，土地使用者转让、抵押或置换土地，无论其是否取得了该土地的使用权属证书，无论其在转让、抵押或置换土地过程中是否与对方当事人办理了土地使用权属证书变更登记手续，只要土地使用者享有占有、使用、收益或处分该土地的权利，且有合同等证据表明其实质转让、抵押或置换了土地并取得了相应的经济利益，土地使用者及其对方当事人应当依照税法规定缴纳营业税、土地增值税和契税等相关税收。
《关于从事房地产开发的外商投资企业售后回租业务所得税处理问题的批复》[全文失效]规定，外资企业通过售后回租业务让渡了不动产以下一项或几项权益或风险的，无论是否办理该不动产的法律权属变更（如产权登记或过户），均应认定企业已转让了全部或部分不动产所有权。
根据上述文件精神，“违章建筑”不动产交易不论是否发生产权变更登记，只要实质转移了与该项不动产的占有、使用、收益和处分相关的利益和损失，都应该认定企业“已转让了全部或部分不动产所有权”，这是实质课税原则的体现，也是征收土地增值税的充分依据。因此，对超规划建造的“违章建筑”应征收土地增值税，其依据应该是产权转移合同所确认的销售收入。