增值税专用发票超过认证期限如何处理？

　
《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发[2003]17号）文件第一条规定：“增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额。”

国家税务总局关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知（国税发[2006]156号）第十三条规定：“一般纳税人在开具专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理；开具时发现有误的，可即时作废。”第十四条：“纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》。《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。”

因此，对贵公司已过认证期的增值税发票，不能抵扣进项税额，不能按作废处理，亦不能退回销售方开具红字增值税专用发票。