增值税发票超过90天未认证抵扣如何处理？

国家税务总局关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知（国税发[2006]第156号）第十四条规定，“一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》（以下简称《申请单》，附件3）。《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。

　　《国家税务总局关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》（国税发[2007]第018号）规定，“因开票有误购买方拒收专用发票的，销售方须在专用发票认证期限内向主管税务机关填报申请单，并在申请单上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，同时提供由购买方出具的写明拒收理由、错误具体项目以及正确内容的书面材料，主管税务机关审核确认后出具通知单。销售方凭通知单开具红字专用发票。”

　　据此，对认证时已超出90天认证期限的专用发票，由于无法认证，不得申请出具《开具红字增值税专用发票通知单》。目前尚无其他处理方法。