增值税发票办理程序
1、利用防伪税控认证子系统对企业提供的抵扣联进行防伪认证（对计算机不能识别但票面清晰的专用发票，按票面信息进行人工校正），根据认证结果的不同，分以下情况进行处理：
（1）认证相符的专用发票（包括人工校正认证相符）认证完毕后，当场向企业下达《认证结果通知书》和认证清单，要求企业当场核对发票份数，并返还企业认证相符的增值税专用发票；
（2）无法认证、纳税人识别号认证不符和发票代码号码认证不符（指密文和明文相比较，发票代码或号码不符）的发票，将发票原件退还纳税人；
（3）密文有误、认证不符（不包括纳税人识别号认证不符和发票代码号码认证不符）和抵扣联重号的专用发票必须当即扣留；对远程认证结果为“认证未通过”的专用发票抵扣联，应在发现的当日通知纳税人于2日内持专用发票抵扣联原件到税务机关再次认证，对仍认证不符的或密文有误的发票，必须当即扣留；
（4）对于扣留的专用发票（包括运输发票），认证人员应填写《增值税专用发票抵扣联扣留通知书》，随同《认证结果通知书》和《专用发票认证结果清单》交纳税人作为扣留凭证，同时填写《认证不符或密文有误专用发票转办单》，与扣留的专用发票抵扣联原件及电子数据，于发现的当日移送稽查部门；专用发票注明金额在十万元以上的，则须立即将专用发票原件和电子数据移送稽查局查处，同时将此情况立即向主管领导报告，主管税务机关要立即将此情况以电话直接通知总局，并最迟于次日将专用发票复印件、《防伪税控认证不符和密文有误增值税专用发票情况表》直接传至总局，同时逐级抄报省局。
2、如果企业报送税务机关认证的发票抵扣联已污损、褶皱、揉搓，无法运用认证子系统进行认证的，可允许纳税人用相应的其他联次进行认证（采集），处理方式同上。
增值税发票认证期限
1.2010年1月1日后开具：
（1）增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
（2）实行海关进口增值税专用缴款书 “先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》申请稽核比对。
2.2009年12月31日前开具：
（1）专用发票进项税额抵扣的时间：开具之日起90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额；认证通过的当月申报抵扣，否则不予抵扣进项税额。
（2）海关专用缴款书进项税额抵扣的时间：开具之日起90天后的第一个纳税申报期结束以前向主管税务机关申报抵扣，逾期不得抵扣进项税额。