按照《税收征收管理法》第六十九条规定：扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
而《国家税务总局关于贯彻〈中华人民共和国税收征收管理法〉及其实施细则若干具体问题的通知》(国税发〔2003〕47号)第二项关于扣缴义务人扣缴税款问题规定：扣缴义务人违反征管法及其实施细则规定应扣未扣、应收未收税款的，税务机关除按征管法及其实施细则的有关规定对其给予处罚外，应当责成扣缴义务人限期将应扣未扣、应收未收的税款补扣或补收。
到底是由税务机关追缴，还是由扣缴义务人补扣?
笔者认为，《征管法》规定的本意是，扣缴义务人只有依法履行代扣代缴、代收代缴税款之责任，却没有缴纳税款之义务。相应税款的征纳关系并没有改变，收款人是纳税人，税务机关是征税人，而征税的方式是代扣代缴。部分网友认为，国税发〔2003〕47号的规定与《征管法》“由税务机关向纳税人追缴税款”的规定相抵触，有一定道理。然而，从防范风险角度来说，扣缴义务人还是要配合税务机关，履行好代扣代缴的义务。
在《上海市税务行政处罚裁量基准》中，有如下规定：
四、违反税款征收管理类
(五)扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的(纳税人拒绝代扣、代收税款，扣缴义务人已按规定暂停支付纳税人款项并向税务机关报告的除外)。
情节程度及处罚标准：
1.扣缴义务人能够按规定补扣补收税款的，处以应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上二倍以下的罚款;
2.扣缴义务人未能按规定补扣补收税款的，税务机关在追缴税款的同时，对扣缴义务人处以应扣未扣、应收未收税款二倍以上三倍以下的罚款。
可见，积极配合税务机关补扣补缴，有利于于避免遭受更大金额罚款。
作者：李志远
个人所得税法施行后，扣缴义务人未履行代扣代缴义务税款怎么办
《个人所得税法》和《税收征收管理法》规定，由扣缴义务人对支付的工资、薪金所得;劳务报酬所得;稿酬所得;特许权使用费所得;利息、股息、红利所得;财产租赁所得;财产转让所得;偶然所得进行代扣代缴税款，并在次月进行申报。
如果扣缴义务人不履行代扣缴个人所得税义务，税款如何征收，《个人所得税法》有着不同的规定。
《个人所得税法》规定除了经营所得之外，均实行个人所得税全员全额扣缴申报。
《国家税务总局关于贯彻中华人民共和国税收征收管理法及其实施细则若干具体问题的通知》(国税发〔2003〕47号)和《国家税务总局关于行政机关应扣未扣个人所得税问题的批复》(国税函[2004]1199号)规定，扣缴义务人没有履行扣缴义务的，税务机关应当责成扣缴义务人向纳税人补扣或补收、追缴税款，并可以处应扣未扣税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
《个人所得税法》则有着不同的规定，在扣缴义务人没有按规定履行扣缴税款义务的情况下，纳税人需要在次年6月30日前自行申报缴纳税款，或者纳税人须按税务机关的可以限期缴纳。
我们认为，《个人所得税法》施行后，税务机关不应再按《国税发〔2003〕47号》和《国税函[2004]1199号》的规定，责成扣缴义务人追缴或补扣，而应按《个人所得税法》和《税收征收管理法》的规定，要求纳税人规定自行申报或限期缴纳，并按征管法的相关规定对未按期申报的纳税人进行处理。
来源：云南百滇税务师事务所有限公司 作者：万伟华 2021-08-09
2009年1月的问答——
公司代扣代缴个人所得税
《国家税务总局关于个人股东取得公司债权债务形式的股份分红计征个人所得税问题的批复》(国税函〔2008〕267号)规定：根据《个人所得税法》和有关规定，个人取得的股份分红所得包括债权、债务形式的应收账款、应付账款相抵后的所得。个人股东取得公司债权、债务形式的股份分红，应以其债权形式应收账款的账面价值减去债务形式应付账款的账面价值的余额，加上实际分红所得为应纳税所得，按照规定缴纳个人所得税。
因此，公司发放个人股东的债权、债务形式的股份分红，应按个人股东债权形式应收账款的账面价值减去债务形式应付账款的账面价值的余额，加上实际分红所得为应纳税所得，按照规定代扣代缴个人所得税。