注：根据2007年8月6日北京市国家税务局关于发布已失效或废止的税收规范性文件目录的通知（京国税发［2007］212号），“... 43.《北京市国家税务局转发国家税务总局关于印发〈事业单位、社会团体、民办非企业单位企业所得税征收管理办法〉的通知的通知》（京国税［1999］094号）市局补充意见部分第二条、第四条、第五条、第七条、第八条。”本文阴影部分废止。
北京市国家税务局转发国家税务总局关于印发《事业单位、社会团体、民办非企业单位企业所得税征收管理办法》的通知的通知
京国税［1999］094号
各区、县国家税务局，直属分局：
现将国家税务总局印发《事业单位、社会团体、民办非企业单位企业所得税征收管理办法》的通知（国税发［1999］65号）（以下简称“《办法》”）转发给你们，并结合我市的实际情况，做如下补充，请依照执行：
一、凡取得生产经营所得和其它所得的在京中央各部门、各总公司所属的事业单位、社会团体以及各行业协会、总会、基金会及其所属的事业单位、社会团体均为中央级企业所得税的纳税人，应自觉履行自核自缴，自行纳税申报的义务。
二、根据《企业所得税暂行条件》及其《实施细则》的规定，对有应税收入的事业单位、社会团体缴纳企业所得税一律实行按年计算，按季预缴的办法。即季度终了后的十五日内向所在地主管税务机关报送纳税申报表和会计报表进行申报预缴、年度终了后两个月内向所在地主管税务机关进行年度企业所得税纳税申报，年度终了后四个月内进行汇算清缴，多退少补。对于需退税额较小的纳税人，其多预缴的所得税税款，也可在下一纳税年度内抵缴，抵缴仍有结余的，或下一年度发生亏损的，应及时办理退税。
三、《办法》中第四条第一款“上级拨款部门出具的拨款证明”，是指纳税人上一级拨款部门出具的能证明其财政拨款实质性的有关文件。
四、事业单位、社会团体纳税人从不存在地区性税率差的被投资企业分回的税后利润，属于免税收入；从存在地区性税率差非100％控股的被投资企业分回的税后利润，属于应税收入。纳税人从被投资企业税后利润中取得的收入，须提供所属单位经税务部门认可的纳税申报表及完税凭证，以办理免税或税款抵免手续。
五、事业单位、社会团体纳税人从所属独立核算经营单位提取的总机构管理费，应按照北京市国家税务局京国税［1997］061号《总机构提取管理费税前扣除审批办法》和京国税二［1999］199号《市国家税务局转发国家税务总局关于总机构提取管理费税前扣除审批办法的补充通知》中的规定执行。
六、事业单位、社会团体纳税人对取得应税收入和免税收入有关的支出项目应分别核算，确实难以划分清楚的，经主管税务机关审核同意，采取分摊比例法予以确定。核算方法一经确定，纳税年度中间不得变更。如采用其他合理的办法，需经北京市国家税务局审核同意。
七、事业单位、社会团体纳税人为开展生产经营活动所发生的亏损，按照北京市国税局京国税［1998］059号关于《企业所得税税前弥补亏损审核管理办法》的通知，报主管税务机关核实、批准后在税法规定的期限内进行弥补。不得自行弥补。
八、事业单位、社会团体纳税人在生产经营过程中发生的财产损失，按照北京市国税局京国税［1998］062号《企业财产损失税前扣除管理办法》规定的程序和要求，报主管税务机关和市局审查批准后，准予税前扣除，未经税务机关批准的财产损失，一律不得税前扣除。